Als er das Amt als CIA-Direktor antrat, hatte Hayden eine Organisation übergeben bekommen, die, wie er sagte, unter dem ‚Syndrom des geschlagenen Kindes’ litt.

Obama hatte ihn zu einer Besprechung zur Information über die verdeckten Operationen bestellt. Hayden war der Meinung, dass dies die Möglichkeit sei, zu beweisen, wie schwerwiegend die Bedrohungen sind, und wie ernsthaft die CIA sie nahm. Er bezog sich auf 14 höchst geheime Operationen, deren Ziel es war, geheime und tödliche Operationen gegen den Terrorismus zu führen, zu verhindern, dass Iran Atomwaffen entwickle, Nordkorea zu überzeugen, keine Atomwaffen mehr zu erzeugen, Operationen gegen deren Verbreitung in anderen Ländern durchzuführen, auf unabhängige Art und Weise oder zur Unterstützung der Vereinigten Staaten in Afghanistan zu operieren, eine Reihe von tödlichen Operationen und andere Programme im Irak durchzuführen, die geheimen Anstrengungen zum Stopp des Genozids in der sudanesischen Region Darfur zu unterstützen und der Türkei Geheimdienstinformation zu bieten, damit diese verhüten kann, dass die Arbeiterpartei Kurdistans eine Separatisten-Enklave innerhalb der Türkei einrichten könne.

Am 5. Januar 2009 erfährt Hayden über einen online veröffentlichten Artikel der Washington Post, dass er als CIA-Direktor abgesetzt worden war und dass man an seiner Stelle Leon Panetta ernannt hatte. Hayden war der Meinung, dass es eine persönliche Beleidigung sei, durch einen Politiker ersetzt worden zu sein. Panetta besitzt Geschicklichkeit, um persönliche Beziehungen aufzubauen. Hayden macht Panetta bei einer Zusammenkunft mit ihm auf Folgendes aufmerksam: 1) Sie sind der Oberkommandierende der Nation im globalen Krieg gegen den Terrorismus; 2) Sie verfügen über das beste Personal der Bundesregierung; 3) Ich habe einige Ihrer Artikel gelesen; verwenden Sie nie wieder die Worte CIA und Folter in ein und demselben Absatz. Die Folter ist ein schweres Delikt. Es kann sein, dass dir das nicht gefällt, aber sag niemals, dass es Folter gibt. Gesetzlich gesehen hat die CIA niemanden gefoltert. McConnell warnte Panetta: ‚Du musst die Schlacht begreifen, die du mit der CIA auszufechten haben wirst, denn sie werden dich so sehen, als ob du ihr Feind wärst.’